教育部植物功能基因组学重点实验室是在原江苏省生物工程重点实验室的基础上发展起来的，于2001年获批准成立江苏省植物功能基因组学重点实验室，2003年获教育部批准建设，2006年1月顺利通过验收正式成为教育部重点实验室。实验室主要依托扬州大学江苏省作物学优势学科（江苏省一级学科重点学科），涵盖作物遗传育种、植物学和农产品质量与安全等3个博士点，以及作物遗传育种、遗传学、生物化学与分子生物学和细胞生物学等4个硕士点，设有作物学博士后流动站。重点实验室以主要农作物改良为中心，基础理论研究与育种实践并重，重点开展作物优异基因资源的挖掘与功能研究、作物品种的分子设计与新品种选育、植物分子细胞遗传学及作物数量遗传和统计基因组学等的研究。